Η Ομοιοπαθητική στηρίζεται στην τοπική διάγνωση. Έχοντας υπόψη της τα αντικειμενικά παθολογικά συμπτώματα της κλινικής εικόνας, έχει ως βάση της την παθογένεση των φαρμάκων, η οποία αποτελείται από τα υποκειμενικά συμπτώματα, τα οποία περιγράφει ο εξεταζόμενος και τα οποία καταγράφηκαν στα πρωτόκολλα της έρευνας των ομοιοπαθητικών φαρμάκων. Αντιθέτως με την Αλλοπαθητική, στη οποία η διάγνωση βασίζεται κυρίως στα αντικειμενικά συμπτώματα.
Ιδιαίτερη αξία για τον Ομοιοπαθητικό έχει το σύμπτωμα να είναι πρωτοπαθές δηλαδή να μην είναι αντιρροπιστικό. Το σύμπτωμα για να μην είναι αντιρροπιστικό πρέπει να είναι «σύμπτωμα πλήρους αξίας», δηλαδή πρέπει να έχει συγκεκριμένη εντόπιση, η οποία μας οδηγεί στο αντίστοιχο τμήμα του ΝΣ.
Ο S. Ηahemann στο «Όργανον» προσδιορίζει τρία είδη ασθενειών: 1. οξείες, 2. χρόνιες και 3. μονόπλευρες. Σχετικά με αυτό από την άποψη της φυσιολογίας του ΝΣ διακρίνονται τρία είδη αντιδράσεων του οργανισμού κατά την διάρκεια της πορείας της παθολογικής εξεργασίας: Πρώτον, όταν στα πρωτοπαθή πεδία του ΚΝΣ η παθολογική εστία ακόμη σχηματίζεται (στάδιο Ι= εγκατάσταση της αντιρρόπησης). Δεύτερον, όταν αυτή έχει ήδη ολοκληρωθεί (στάδιο ΙΙ= σταθερής αντιρρόπησης), τότε εμφανίζονται και τα συμπτώματα των χρονίων μιασμάτων, τα οποία συνεχίζουν να εξελίσσονται. Σε αυτά τα δύο στάδια αντιστοιχούν καταστάσεις λει- τουργικού επιπέδου και εδώ υποβάλλεται η Κλασική Ομοιοπαθητική με ομοιοπαθητικά φάρμακα δύο φάσεων δράσης: 1. κατασταλτική στο όργανο ή σύστημα που έχει τροπισμό το φάρμακο και 2. ρύθμιση οργανισμού, στην διάρκεια της οποίας τα συμπτώματα του ασθενή κινούνται από πάνω προς τα κάτω ή αντίστροφα. Στην διάρκεια της θεραπείας τα συμπτώματα της ασθένειας υποχωρούν στην αντίστροφη σειρά. Τρίτον, όταν στο ΚΝΣ σχηματίζεται ή έχει ήδη ολοκληρωθεί δευτεροπαθές παθολογικό πεδίο (στάδιο ΙΙΙ= ρήξη της αντιρρόπησης). Το χαρακτηριστικό των καταστάσεων αυτών είναι ότι δεν έχουν παθογενετική δέσμευση με τις καταστάσεις των πρωτοπαθών πεδίων, είναι οργανικού επιπέδου (αποδόμηση οργάνων και ιστών) με προκύπτουσες παθολογικές εργαστηριακές ή απεικονιστικές εξετάσεις. Η ομοιοπαθητική δεν μπορεί να έχει αποτέλεσμα σε αυτό το στάδιο, επειδή δεν ισχύει η αρχή της ομοιότητος. Στο στάδιο ΙΙΙ ανήκουν καταστάσεις δυσκρασιών, σακχαρώδους διαβήτη, σκλήρυνση κατά πλάκας, μορφώματα κλπ.
Αυτές τις καταστάσεις του σταδίου ΙΙΙ, στην παρ 173 του «Όργανον» ο S Hahnemann ονόμασε «μονόπλευρες» ασθένειες (μη πλήρεις), στις οποίες εκδηλώνονται, δύο-τρία, το πολύ πέντε συμπτώματα και εάν επιτευχθεί η σωστή επιλογή φαρμάκου παρατηρούνται δύο χαρακτηριστικές αρχές: 1) στην πορεία της θεραπείας τα συμπτώματα δεν φεύγουν με την αντίστροφη σειρά από αυτή που εμφανίσθηκαν, αλλά αρχίζουν να υποχωρούν τυχαία άλλοτε συγχρόνως και άλλοτε μεμονωμένα και 2) μετά την άρση της ασθένειας εμφανίζεται αρκετά μεγάλος αριθμός συμπτωμάτων, από ένα προσβεβλημένο, ανατομικό σύστημα. Στη βάση αυτών των νέων συμπτωμάτων η επιλογή του φαρμάκου και η αντιμετώπιση του ασθενούς γίνεται με τις αρχές της Ομοιοπαθητικής.
«Μονόπλευρες» ονόμασε αυτές τις ασθένειες ο Hahnemann, διότι τα συμπτώματά τους αποδίδονται σε ιστική αποδόμηση και αφορούν κάποιο όργανο ή μέρος ανατομικού συστήματος, αλλά ποτέ ολόκληρο σύστημα, και γι’ αυτό ποτέ δεν υπάρχει πλήρης εικόνα καμίας νοσολογικής οντότητας. Σε αυτές τις «μονόπλευρες» ασθένειες η Ομοιοπαθητική δεν ενδείκνυται στην αρχική θεραπευτική αντιμετώπισή τους, διότι στο στάδιο ΙΙΙ χρησιμοποιούνται μόνο τα φάρμακα που έχουν μία φάση δράσεως, δηλαδή απόλυτη κατασταλτική δράση για να είναι ικανά να σβήσουν πρώτα τα δευτεροπαθή πεδία στο ΚΝΣ, δηλαδή νοσώδη, οργανοβοηθητικά, τριπλά άλατα και ομοιοπαθητικά φάρμακα σε αραίωση 1:50000 (σκάλα LM).
Παρόμοια προσέγγιση, όπως στις καταστάσεις του σταδίου ΙΙΙ έχουμε σε μερικές περιπτώσεις σταδίου Ι και ΙΙ, όταν πρώτου βαθμού συγγενείς του ασθενούς έχουν την ίδια πάθηση, δηλαδή σε οικογενειακές καταστάσεις, όταν το παιδί γεννιέται ήδη με παραμορφωμένα πρωτοπαθή πεδία στο ΚΝΣ.
Ασθενείς σταδίου ΙΙΙ αντιμετωπίζονται με «Iσοπαθητική θεραπεία» (νοσώδη), «Θεραπεία του Clarke» (τριπλά άλατα και οργανοβοηθητικά με ευρετηριολόγηση με τον «τρίποδα του Hering») καθώς και με την μεθοδολογία «Σταυρός του Αγ. Ανδρέα» με τα συμπτώματα της πιο βαρείας ποσοτικής modality.
Στην «Ισοπαθητική Θεραπεία» ένδειξη για την εύρεση του φαρμάκου είναι η εντόπιση των συμπτωμάτων στο πρωτοπαθώς προσβεβλημένο όργανο ή λειτουργικό σύστημα, αναλόγως του επιπέδου του προσβεβλημένου συστήματος (πίνακας). Επιλέγουμε τα νοσώδη αναλόγως της αντίστοιχης εντόπισης (αντιστοίχιση και όχι ομοιότητα συμπτωματολογίας) και κάνουμε διαφοροποίηση με την βοήθεια της Materia Medica του Nash ή του Boericke. Δουλεύουμε με συνδυασμό δύο ειδών φαρμάκων, νοσώδες και μετά φυτό. Το νοσώδες δίδεται σε επαναλαμβανόμενες ίδιες δόσεις μέχρι να παρατηρηθεί πυρετός ή θερμοκρασιακή αντίδραση (αίσθηση ψύχρας τοπική ή γενική, εξάψεις, παλίρροια αίματος κλπ) για να θεωρήσουμε ότι το δευτεροπαθές παθολογικό πεδίο σβήστηκε και ο ασθενής επέστρεψε στο στάδιο ΙΙ. Το τρίτο φάρμακο πρέπει να είναι συστηματικό βοηθητικό (άλατα) και υποβάλλεται στο πρωτοπαθώς προσβεβλημένο πεδίο του ΚΝΣ και προκύπτει βάσει της ομοιοπαθητικής θεώρησης της ασθένειας.